从取水到装瓶这段时间内，细菌有可能繁殖滋生。以前防止细菌的繁殖，都是在抽出的水中添加氟，这样将损害矿泉水的天然风味，同时残留的氟可能生成有害物质。有人建议，在添加氟的情况下，可用活性炭进行再处理，但同样会影响矿泉水的天然风味。所以，需要研究一种方法，既能有效的防止矿泉水从取水到装瓶这段时间内细菌的繁殖，又不须添加氟等杀菌剂。
矿泉水在经过上述冷却处理和过滤后，在一定时间继续保持低温条件，再用常规方法进行灭菌处理，达到完全灭矿泉水中的杂菌，如使用高温加热灭菌方法。要保持矿泉水的味道不变，须采用精密过滤的方法，可用孔径0.22微米以下的滤膜进行精密过滤。这种方法可有效除去存在于矿泉水中的全部细菌，又能使矿泉水不变质并保持原味，从而达到与高温杀菌同样的灭菌效果。
桶装山泉水产生藻类的条件
矿泉水与纯净水的共同点是安全卫生，其不同点是矿泉水是取自地下深处的天然矿泉水，含有对人体有益的矿物质和微量元素，生物功能性强，对人体有保健作用，纯净水则是去除了矿物质和微量元素，失去了水中的营养功能，这也是矿泉水会长青苔而纯净水不会长青苔的根本原因。同时，据有关文献报道：藻类生长需要钾、钙、锰十几种矿物质和微量元素，用不同的水作为藻类培养用水，发现矿泉水因含有丰富的矿物质和微量元素使藻类生长更快，纯净水确没有绿藻生长，可见，矿物质是藻类生长的必备的条件，也是重要的营养源。
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